A baktériumok (mikroorganizmusok) minden környezetben megtalálhatók, beleértve a talajt, a vizet, a levegőt, a növényeket és az állatokat. Legnagyobb mennyiségben meleg és párás környezetben fordulnak elő, és egyes fajok még szélsőséges körülmények között is túlélnek, például magas hőmérsékleten vagy magas savasság vagy lúgosság esetén.