Bizonyos esetekben azonban szükséges vagy előnyös lehet szérum használata Western-blothoz. Például, ha a kérdéses fehérje kis mennyiségben van jelen a tisztított fehérjemintában, a szérum használata növelheti a fehérje kimutatásának esélyét. Ezenkívül a szérum felhasználható fehérje-fehérje kölcsönhatások tanulmányozására vagy specifikus fehérjék elleni antitestek kimutatására.
Ha szérumot kell használni Western-blothoz, fontos lépéseket tenni az interferencia és a háttérjel lehetőségének minimalizálása érdekében. Ezek a lépések a következőket tartalmazhatják:
* A szérumminta előkészítése centrifugálással a sejttörmelék és az oldhatatlan részecskék eltávolítására.
* A szérumminta hígítása a zavaró anyagok koncentrációjának csökkentése érdekében.
* Blokkolószer, például szarvasmarha szérumalbumin (BSA) használata a nem specifikus kölcsönhatások minimalizálása érdekében.
* A Western-blot-körülmények, például az antitest-koncentrációk és az inkubációs idők optimalizálása a háttérjel csökkentése érdekében.
Összességében elmondható, hogy bár a szérum használata Western-blot-vizsgálathoz általában nem javasolt az interferencia és a háttérjel miatt, bizonyos esetekben szükséges vagy előnyös lehet. Szérum használatakor elengedhetetlen a Western-blot körülmények gondos optimalizálása.