Az ágazati heterochromia leggyakoribb oka a genetikai mutáció. Ez a mutáció akár az OCA2, akár az SLC24A4 génben fordulhat elő. Az OCA2 gén felelős egy olyan fehérje előállításáért, amely segít a melaninnak az íriszbe történő szállításában. Az SLC24A4 gén felelős egy olyan fehérje előállításáért, amely segít szabályozni a melanin mennyiségét az íriszben. Ha ezen gének bármelyike mutációt szenved, az a melanin mennyiségének különbségéhez vezethet az írisz különböző szektoraiban, ami szektorális heterokrómiát eredményezhet.
Az ágazati heterokrómia egyéb okai a következők:
* Trauma: A szem sérülése az írisz károsodását okozhatja, ami az írisz különböző szektoraiban a melanin mennyiségének eltéréséhez vezethet.
* Fertőzések: A szem fertőzései, mint például az iritisz, szintén károsíthatják az íriszt, ami ágazati heterokrómiához vezethet.
* Bizonyos gyógyszerek: Egyes gyógyszerek, például a prosztaglandin analógok megváltoztathatják a melanin mennyiségét az íriszben, ami ágazati heterokrómiához vezethet.
* Glaukóma: A glaukómában szenvedőknél nagyobb valószínűséggel alakul ki szektorális heterokrómia. A zöldhályog ugyanis károsíthatja a látóideget, ami az íriszben lévő melanin mennyiségének megváltozásához vezethet.