A Cri du Chat-szindróma leggyakoribb oka az 5-ös kromoszóma (5p) rövid karjából származó genetikai anyag törlése vagy elvesztése. Ez a deléció történhet spontán módon vagy kromoszómális transzlokáció eredményeként. Spontán deléció esetén a genetikai anyag elveszik a sejtosztódás során. Transzlokáció esetén az 5. kromoszómából származó genetikai anyag egy másik kromoszómába kerül, ami az 5. kromoszómából származó genetikai anyag elvesztését eredményezi.
A deléció mérete változhat, és a nagyobb deléciók a Cri du Chat szindróma súlyosabb tüneteivel járnak. A deléció különböző géneket is érinthet, ami különböző tünetekhez vezethet. A deléción kívül más kromoszóma-rendellenességek, például duplikációk vagy inverziók is okozhatnak Cri du Chat szindrómát. Ezek a rendellenességek sokkal kevésbé gyakoriak, mint a törlés.
