A lizoszómák fontos szerepet játszanak a sejtemésztés folyamatában. Amikor egy sejt táplálékot vesz fel, a táplálékot először kisebb molekulákra bontják a lizoszómák enzimei. A kapott molekulákat ezután a sejt elnyeli, és energiatermelésre vagy új sejtszerkezetek felépítésére használja fel. A lizoszómák szerepet játszanak a sejthalál folyamatában is. Amikor egy sejt elpusztul, lizoszómái felszakadnak, és felszabadítják az emésztőenzimeiket, amelyek lebontják a sejt tartalmát. Ezt a folyamatot autolízisnek nevezik.