A jótékony baktériumok, amelyeket gyakran bélmikrobiótának vagy bélflórának neveznek, összetett ökoszisztémát alkotnak a vastagbélben. A bélnyálkahártyához tapadva biofilmként ismert közösségeket alkotnak. Más baktériumcsoportok szabadon lebeghetnek a bél lumenében.
Minden egyén egyedi összetételű a bélmikrobióta, amely idővel változhat olyan tényezők miatt, mint az étrend, a gyógyszeres kezelés, az életmód és az egészség. A változatos és kiegyensúlyozott bélmikrobióta fenntartása kulcsfontosságú az általános jólét szempontjából. Ezek a jótékony baktériumok létfontosságú szerepet töltenek be az emésztés, a tápanyagok felszívódásának, az immunrendszer működésének és a káros kórokozók elleni védelemnek különböző aspektusaiban.