Nincs általános ellenjavallat a melatonin használatára autoimmun betegségekben szenvedőknél. A melatonint, a természetben előforduló hormont, amely elsősorban az alvás-ébrenlét ciklusok szabályozásában játszik szerepet, általában biztonságosnak és jól tolerálhatónak tartják. Miközben folyamatban van a melatonin bizonyos autoimmun állapotokkal való lehetséges kölcsönhatásainak kutatása, nincs olyan megállapított ellenjavallat, amely tiltaná a melatonin használatát autoimmun betegségekben szenvedő betegeknél. Ha egy egyénnek bizonyos egészségügyi állapota van, vagy folyamatban lévő kezelés alatt áll, a melatonin, vagy bármilyen kiegészítő vagy gyógyszer bevétele előtt mindig tanácsos egy egészségügyi szakemberrel konzultálni, hogy személyre szabja az ellátást, és kezelje az esetleges problémákat.