Amikor az anyagok olyan folyamatokon keresztül jutnak be a sejtbe, mint az endocitózis vagy a fagocitózis, akkor végül endoszómáknak nevezett hólyagokba záródnak. Ahogy ezek az endoszómák érnek, egyesülnek a lizoszómákkal, és nagyobb struktúrákat képeznek, amelyeket másodlagos lizoszómáknak neveznek. Ezeken a másodlagos lizoszómákon belül az emésztőenzimek lebontják az elnyelt anyagot, végül kisebb molekulákká alakítva, amelyeket a sejt hasznosítani tud.
A lizoszómák szerepet játszanak a sérült vagy elhasználódott organellumok eltávolításában is az autofágiának nevezett folyamaton keresztül. Az autofágia során a sejtmembrán egyes részei nemkívánatos organellumokat vesznek körül, autofagoszómákat hozva létre. Ezek az autofagoszómák azután egyesülnek a lizoszómákkal, ami a zárt sejtkomponensek lebomlásához és újrahasznosításához vezet.
Összefoglalva, a lizoszómák az állati sejtek intracelluláris emésztőrendszereként működnek azáltal, hogy lebontják a salakanyagokat, a tápanyagokat és az elhasználódott organellumokat, így fenntartják a sejtek homeosztázisát.