A vékonybélbe jutó pepszint a vékonybél lúgos pH-ja inaktiválja. A pepszin egy savas proteáz, amely optimálisan működik a gyomor savas környezetében. A 8 körüli pH-jú vékonybélbe kerülve elveszti aktivitását és már nem képes lebontani a fehérjéket. A hasnyálmirigy bikarbonát ionokat is kiválaszt a vékonybélbe, ami tovább segíti a savas chyme semlegesítését, és olyan környezetet teremt, amely alkalmasabb a többi emésztőenzim, például a hasnyálmirigy proteázok és lipázok számára.
