Bár az agyi CT-vizsgálatokat nem használják rutinszerűen a migrén diagnosztizálására, hasznosak lehetnek a fejfájás egyéb lehetséges okainak kizárásában, mint például a 腦中風, vérzés, daganatok vagy más szerkezeti rendellenességek. Bizonyos helyzetekben agyi CT-vizsgálatot lehet rendelni, ha a migrénes tünetek súlyosak vagy atipikusak, ha új vagy progresszív neurológiai tünetek jelentkeznek, vagy ha aggodalomra ad okot a mögöttes lehetséges szerkezeti rendellenességek miatt. Ezenkívül az agy CT-vizsgálata hasznos lehet a migrén szövődményeinek, például az agyi vénás trombózis vagy a hátsó reverzibilis encephalopathia szindróma (PRES) kiértékelésében.
