A bélműtét egytől hat óráig tarthat, az elvégzett műtét típusától függően. Például egy egyszerű kolonoszkópia csak körülbelül egy órát vehet igénybe, míg egy bonyolultabb műtét, például a kolektómia több órát is igénybe vehet. A műtét hossza a páciens egyéni körülményeitől is függ, például általános egészségi állapotától és a műtét mértékétől.