A menstruációs fejfájás másik oka a prosztaglandinok. A prosztaglandinok hormonszerű anyagok, amelyeket a méh a menstruáció során termel. A méh izmainak összehúzódását okozhatják, ami fájdalmat és fejfájást okozhat.
Ezenkívül néhány nő fejfájást tapasztalhat a vércukorszint változása miatt a menstruáció során. Az ösztrogén- és progeszteronszint csökkenésével a vércukorszint is csökkenhet, ami fejfájást okozhat.
Végül néhány nő fejfájást tapasztalhat a menstruációval kapcsolatos stressz és szorongás miatt. A stressz és a szorongás ronthatja a fejfájás tüneteit.