A gyomornedvben jelenlévő, fehérjéket emésztő enzim a pepszin. A pepszin egy proteáz enzim, amelyet a gyomorban lévő gyomormirigyek fő sejtjei választanak ki. A gyomor savas környezetében aktív, és a fehérjéket kisebb peptidekre bontja. A pepszin különösen fontos a hús és más állati termékek emésztéséhez. Más enzimekkel, például a sósavval együtt működik, hogy az összetett fehérjéket kisebb molekulákra bontsa, amelyeket a szervezet könnyebben felszív.