Az emésztőzsákot, amely nem kapcsolódik más endomembrán struktúrákhoz, lizoszómának nevezik. A lizoszómák kisméretű organellumok, amelyek az állati sejtek citoplazmájában találhatók. Ezek membránhoz kötött vezikulák, amelyek hidrolitikus enzimeket tartalmaznak, amelyek képesek különféle biomolekulák, köztük fehérjék, szénhidrátok, lipidek és nukleinsavak lebontására. A lizoszómák az intracelluláris emésztésben, a hulladék ártalmatlanításában és a sejtkomponensek újrahasznosításában működnek. Döntő szerepet játszanak a sejtek homeosztázisának fenntartásában és a sérült vagy szükségtelen sejtanyagok eltávolításában. A molekulák szintézisében, módosításában és szállításában részt vevő többi endomembrán szerkezettől eltérően a lizoszómák az intracelluláris emésztésre és újrahasznosításra specializálódtak.
