A fagolizoszóma olyan anyagot tartalmaz, amely fagocitizálódott és emésztési folyamatban van. A fagolizoszóma egy membránhoz kötött organellum, amely egy fagoszóma és egy lizoszóma fúziójából jön létre. A fagoszóma egy kis vezikula, amely olyan anyagot tartalmaz, amelyet egy sejt fagocitált vagy elnyelt. A lizoszóma egy kis hólyag, amely emésztőenzimeket tartalmaz. Amikor egy fagoszóma és egy lizoszóma egyesül, a lizoszómában lévő emésztőenzimek felszabadulnak a fagoszómába, és a fagoszómán belüli anyag kisebb molekulákra bomlik le.