A gyomor által termelt enzimet pepszinnek nevezik. A pepszin egy proteáz enzim, amely a fehérjéket kisebb peptidekre bontja. A gyomorban található gyomormirigyek fő sejtjei választják ki. A pepszin a gyomor savas környezetében aktív, optimális pH-értéke 1,5-2,0. Más enzimekkel, például sósavval és nyálkával együtt működik az élelmiszer megemésztésében, és előkészíti azt a vékonybélben történő felszívódásra.