Baktériumok:
* Firmicutes :A vastagbélben uralkodó baktériumok, beleértve a hasznos fajokat, mint a *Lactobacillus*, *Ruminococcus* és *Clostridium*.
* Bacteroidetes :Az összetett szénhidrátok lebontásában és az erjedési folyamatokban részt vevő baktériumok másik nagy csoportja.
* Proteobaktériumok :Változatos csoport, beleértve néhány potenciálisan patogén baktériumot, mint például az *Escherichia coli*.
* Actinobacteriumok :A rostok lebontásával és bioaktív vegyületek előállításával foglalkozó kis csoport.
Archaea:
* Metanogének :Ezek a mikroorganizmusok anyagcseréjük melléktermékeként metángázt termelnek. Szerepet játszanak abban, hogy a bél képes lebontani az élelmiszer bizonyos összetevőit.
Vírusok:
* Bakteriofágok :Vírusok, amelyek kifejezetten fertőznek és szaporodnak a baktériumsejtekben. Befolyásolják a baktériumpopulációkat, és hatással vannak a mikrobiális egyensúly fenntartására.
Gomák:
* Élesztők :Jótékony élesztőfajták, mint például a *Saccharomyces cerevisiae* kis mennyiségben jelen lehetnek. A Candida fajok a bélben is megtalálhatók, de problémássá válhatnak, ha túlszaporodnak.
Protisták:
* Protozoa :Egysejtű szervezetek, például *Entamoeba* és *Giardia* jelen lehetnek, egyesek kommenzálisként működnek, míg mások bélfertőzést okozhatnak.
Érdemes megjegyezni, hogy a bél mikrobiota összetétele jelentősen eltérhet az egyének között olyan tényezők miatt, mint az étrend, a genetika, a környezeti expozíció és az egészségügyi állapotok. A változatos és kiegyensúlyozott bélmikrobióta fenntartása általában különféle egészségügyi előnyökkel jár, beleértve az emésztést, a tápanyagok felszívódását, az immunrendszer működését és a káros kórokozók elleni védelmet. Ennek az egyensúlynak a megzavarását, amelyet dysbiosisnak neveznek, számos betegséghez és állapothoz kapcsolták.