Az IgA létfontosságú szerepet játszik a nyálkahártya immunitásában azáltal, hogy megakadályozza a kórokozók nyálkahártya felületekhez való kötődését és semlegesíti a toxinokat. Más immunmechanizmusokat is aktivál, például a komplement aktivációt és a fagocitózist a kórokozók eltávolítására. Ezenkívül az IgA antigéneket szállíthat a nyálkahártya epiteliális sejtjein keresztül, megkönnyítve az immunrendszer felügyeletét és az immunválaszok kiváltását.