Környezeti tényezők: A környezet szerepet játszhat abban, hogy egy gén kifejeződik-e vagy sem. Például bizonyos gének csak specifikus környezeti feltételek, például hőmérséklet vagy fény hatására expresszálódnak.
Epigenetikai módosítások: Az epigenetikai módosítások olyan változások a DNS szerkezetében, amelyek nem járnak változásokkal magában a DNS-szekvenciában. Ezek a módosítások befolyásolhatják a génexpressziót, és öröklődnek egyik generációról a másikra.
Genetikai módosítók: A genetikai módosítók olyan gének, amelyek befolyásolhatják más gének expresszióját. Például egy genetikai módosító növelheti vagy csökkentheti egy gén expresszióját, vagy megváltoztathatja a génexpresszió időzítését.
Génadagolás: A géndózis egy szervezetben található gén másolatainak számát jelenti. Egyes esetekben a nem teljes penetranciát a génadagolás hiánya okozhatja. Például, ha egy gén szükséges egy adott fenotípushoz, és egy organizmusnak csak egy példánya van a génből, előfordulhat, hogy a fenotípus nem fejeződik ki.
A hiányos penetrancia megnehezítheti egy adott tulajdonság genetikájának tanulmányozását. Ez is megnehezítheti az egyed fenotípusának előrejelzését genotípusuk alapján.