Ezenkívül a hímeknek csak egy példánya van az FMR1 génből, amely a normális fejlődéshez szükséges fehérje előállításáért felelős. Ha ez a gén mutált vagy hiányzik, a férfiaknak Fragile X szindrómája lesz. A nőstényeknél viszont előfordulhat, hogy az egyik mutáns FMR1 gén, a másik pedig a szükséges fehérje biztosítása érdekében, csökkentve a szindróma kialakulásának valószínűségét.
A Fragile X kromoszóma nagyobb valószínűséggel instabil és törik a férfiaknál, mint a nőknél, ami a teljes mutációhoz vezet, ami Fragile X szindrómát okoz.