A fehérjeemésztés a vékonybélben ér véget. A fehérjéket a gyomorban részben a pepszin enzim emészti fel, majd a vékonybélben különféle enzimek, például tripszin, kimotripszin és elasztáz által aminosavakra bontják. Ezeket az aminosavakat ezután a vékonybelet bélelő sejtek szívják fel.