A vékonybélben történik a legtöbb kémiai emésztés. A kémiai emésztést végző enzimek két forrásból származnak:a vékonybél és a hasnyálmirigy kefe határsejtjeiből. A kefeszegély sejtek olyan enzimeket termelnek, mint a szacharáz, a laktáz és a maltáz, amelyek lebontják a szénhidrátokat. A hasnyálmirigy olyan enzimeket termel, mint amiláz, lipáz és proteáz, amelyek lebontják a szénhidrátokat, zsírokat és fehérjéket. Ezek az enzimek felszabadulnak a vékonybélbe, ahol keverednek a táplálékkal, és elkezdik azt kisebb molekulákra bontani.