Egyes egyéneknél azonban előfordulhat, hogy a laktáztermelés nem elegendő vagy hiányzik, ami laktóz intoleranciának nevezett állapothoz vezethet. Amikor a laktóz emésztetlenül éri el a vastagbelet, baktériumokkal találkozik, amelyek fermentálják, gázokat termelnek, és olyan tüneteket okoznak, mint a puffadás, hasi fájdalom és hasmenés.
A laktózintoleranciával járó fájdalom gyakran az alsó hasban vagy a köldök környékén érezhető, ami eltér attól a helytől, ahol a vékonybélben (a has felső részén) a laktóz megemészthető. A laktóz baktériumok általi fermentációja ugyanis elsősorban a vastagbélben megy végbe, amely az alhasban található.