Az E. colit számos ragadozó elfogyasztja, és az emésztés során elpusztíthatja, különösen az emberi bélrendszer jótékony baktériumpopulációi, például a Lactobacillus és a Bifidobacterium bizonyos törzsei, valamint a bakteriofágok, amelyek olyan vírusok, amelyek megfertőzik és elpusztítják a baktériumokat.
