A röntgensugarak azonban korlátozott érzékenységűek a lágyszöveti rendellenességek kimutatására, így kevésbé hatékonyak számos gyakori gyomorbetegség kimutatásában. Például előfordulhat, hogy a röntgensugarak nem használhatók gyomorhurut (a gyomornyálkahártya gyulladása), fekélyek vagy gyomordaganatok diagnosztizálására.
Ilyen esetekben más képalkotó technikákra vagy diagnosztikai vizsgálatokra lehet szükség a pontos diagnózis érdekében. Ezek közé tartozhat a felső gasztrointesztinális (GI) endoszkópia, a számítógépes tomográfia (CT) vagy a mágneses rezonancia képalkotás (MRI).