A köldökagenezis általában elszigetelt lelet, és nem okoz egészségügyi problémákat. Azonban más születési rendellenességekkel is összefüggésbe hozható, mint például az omphalocele (a hasi szervek kiemelkedése a köldökön keresztül) vagy a gastroschisis (a hasfal olyan hibája, amely lehetővé teszi a belek kiemelkedését).
A legtöbb esetben a köldök agenesis nem igényel kezelést. Ha azonban más születési rendellenességekkel jár, műtétre lehet szükség a probléma megoldásához.