A 19. század végén, a hongkongi pestisjárvány idején Yersin egy csapat tagja volt, amelyet a betegség tanulmányozására küldtek. Ott szorosan együttműködött Paul-Louis Simond francia bakteriológussal.
Egy kínai templomban felállított rögtönzött laboratóriumban dolgozva Yersin sikeresen izolálta a pestisért felelős baktériumot, amelyet Bacillus pestisnek nevezett el. Bemutatta a bolha szerepét a fertőzésben. Yersin felfedezései forradalmasították a betegség megértését és kezelését, és megalapozták a vakcinák és az antibiotikumok kifejlesztését.