Az egyik legkorábbi lehetséges jelentés egy autoimmun betegségről Naomi bibliai története lehet, aki úgy tűnik, hogy Sjogren-szindrómában szenvedett. A Sjogren-szindróma egy krónikus autoimmun betegség, amely a külső elválasztású mirigyeket érinti, szájszárazságot és szemszárazságot okozva. A Ruth könyvében Noémi arról panaszkodik, hogy „a szeme homályos, és nem látok” (Ruth 1:14), ami a Sjogren-szindróma lehetséges tünete. Más bibliai hivatkozások, beleértve a leprát leírókat is, potenciálisan utalhatnak autoimmun betegségekre, de ezek az értelmezések pusztán spekulatívak.
1555-ben a neves orvos, Paracelsus a "tarantizmus" nevű állapotról írt, amelyet szapora szívverés, légszomj és akaratlan mozgások jellemeztek, amelyeket a tarantula harapása okoz. Ma úgy tartják, hogy a tarantizmus pszichogén betegség volt, valószínűleg egy autoimmun állapothoz kapcsolódik.
A 18. és 19. században számos orvos számolt be olyan esetekről, amikor egyének tünetei olyan autoimmun betegségekhez hasonlítottak, mint a rheumatoid arthritis, a szisztémás lupus erythematosus és a Graves-kór. Ezeket a betegségeket azonban csak a 20. században kezdték felismerni és autoimmun betegségekként besorolni.
Az autoimmunitás történetének egyik kulcsfigurája Ilja Mecsnyikov orosz immunológus volt, aki 1900-ban javasolta a "horror autotoxicus" elméletét. Ez az elmélet azt sugallta, hogy az immunrendszer általában felismeri és megtámadja az idegen betolakodókat, de bizonyos körülmények között képes. tévesen megtámadják a szervezet saját szöveteit, ami autoimmun betegséghez vezet.
1956-ban az "autoimmunitás" kifejezést Ernest Witebsky brit immunológus alkotta meg. Witebsky úgy határozta meg az autoimmunitást, mint "az az állapot, amelyben egy szervezet káros antitesteket termel saját szövetei ellen". Ez a meghatározás segített megszilárdítani az autoimmun betegségek fogalmát, mint a rendellenességek külön csoportját.
Az azóta eltelt években az autoimmunitás kutatása drámai mértékben bővült, ami számos autoimmun betegség azonosításához, valamint ezek kezelésére és kezelésére szolgáló terápiák kifejlesztéséhez vezetett.