Ha egy mutáció nem eredményez változást az aminosavszekvenciában, akkor azt csendes mutációnak nevezik, és nincs hatással a fehérjére. Ez akkor fordulhat elő, ha a mutáció nem változtatja meg a kodont, vagy ha megváltoztatja a kodont olyanra, amely ugyanazt az aminosavat kódolja.
Ezenkívül a nem kódoló régiókban, például az intronokban vagy az intergenikus régiókban történő mutáció kevésbé valószínű, hogy káros, mivel ezek a régiók nem vesznek részt közvetlenül a fehérjeszintézisben vagy a szabályozásban.