Ezzel szemben az emésztőrendszer elsődleges feladata a táplálék lebontása, a tápanyagok felszívása és a salakanyagok eltávolítása. A legtöbb halfajnál az emésztőrendszer fő összetevői közé tartozik a száj, a nyelőcső, a gyomor, a belek és az emésztőmirigyek, például a máj és a hasnyálmirigy. Ezeken a struktúrákon és élettani folyamatokon keresztül a halak táplálékot fogyaszthatnak, felhasználható tápanyagokra bonthatják le, ezeket a tápanyagokat energia és növekedés érdekében felszívhatják, és az emésztetlen anyagokat hulladékként eltávolíthatják.
Ezért a kopoltyúk légzőfunkciót töltenek be, elősegítve az oxigénfelvételt, míg az emésztőrendszer felelős az élelmiszerek feldolgozásáért és az alapvető tápanyagok beszerzéséért.