A gyomorban előforduló fő emésztési funkció a fehérje emésztés. A gyomor egy izmos szerv, amely gyomornedvet választ ki, amely sósavat és pepszin enzimet tartalmaz. A sósav savas környezetet hoz létre a gyomorban, ami elpusztítja a baktériumokat és denaturálja a fehérjéket, így érzékenyebbé válik a pepszin általi emésztésre. A pepszin egy proteáz, amely a fehérjéket kisebb peptidekre bontja, ezzel beindítja a fehérjeemésztési folyamatot.
