A pepszin egy enzim, amelyet a gyomor fő sejtjei termelnek, és a gyomorban aktív. A gyomor savas környezetében működik a legjobban, amelynek pH-értéke 1,5 és 2,0 között van. A pepszin a fehérjéket kisebb peptidekre bontja, és különösen hatékony a kollagén, a kötőszövetben található fehérje emésztésében. A gyomor parietális sejtjei által termelt sósav segít a pepszin hatékony működéséhez szükséges savas környezet megteremtésében. A pepszin inaktív magasabb pH-értékeken, mint például a vékonybélben, ezért aktivitása a gyomorra korlátozódik.