Egészség és a Betegség
A baglyok erősen izmos proventriculussal (a gyomor egy része) rendelkeznek, amely táplálékot tárol, és megkönnyíti a lenyelt anyagok elmorzsolását (darálását). A proventriculus vastag izomréteggel van bélelve, amelyek összehúzódnak és ellazulnak, hogy mechanikusan lebontsák az ételt kisebb részecskékre. A kiválasztódó gyomornedvek beindítják a kémiai emésztést, és a meglágyult tömeg az emésztőrendszeren keresztül halad előre.
Pellet
Bizonyos összetevők, például csontok, szőrzet, tollak és külső vázak emészthetetlensége miatt a meglágyult anyagok gyakran pelletként regurgitálódnak. A pellet a baglyok sajátos jellemzője, gyakran a fészkelő- vagy fészkelőhelyük közelében találhatók. Ezek a pelletek értékes információkkal szolgálnak a biológusok és kutatók számára, mivel feltárhatják a bagoly étrendjét, és betekintést nyújthatnak az ökoszisztéma dinamikájába.
Vékonybél
A pellet regurgitációja után a megmaradt lebontott táplálékanyag tovább halad a vékonybélbe. Itt az emésztett zsákmány tápanyagai a bélfalakat borító bolyhokon (apró, ujjszerű kiemelkedéseken) keresztül szívódnak fel a véráramba. A hasnyálmirigy, a máj és a bélmirigyek által kiválasztott enzimek tovább segítik a tápanyagok felszívódását.
Vasbél és kloáka
Az emésztetlen anyag áthalad a vastagbélen, ahol a víz és az elektrolitok végső kivonását tapasztalja, mielőtt végül a kloákán (egyetlen nyíláson, amely a madarak emésztőrendszerének, húgyúti és szaporodási rendszerének közös kivezető nyílásaként) keresztül távozna. A kiszáradt, szilárd hulladék ürülékként távozik.