A fehérjéket részben lebontja a gyomorban a pepszin nevű enzim. A pepszin erősen savas környezetben fejti ki hatását a legjobban, ezért a gyomor nagy mennyiségű sósavat termel. Miután a fehérjék részlegesen megemésztettek, a vékonybélbe kerülnek további emésztés céljából.
