Az orvosi gyakorlatban, ha a betegnél fertőzésre utaló tünetek jelentkeznek, de a felelős specifikus kórokozót nem határozták meg, empirikus antibiotikum terápia indul. Az antibiotikumok kiválasztását, gyakran különböző gyógyszerek kombinációját, számos tényező határozza meg, többek között:
1. A legvalószínűbb feltételezett kórokozók a páciens tünetei, klinikai megjelenése és a fertőzés feltételezett forrása alapján (pl. közösségben szerzett tüdőgyulladás, húgyúti fertőzés, intraabdominalis fertőzés).
2. Helyi epidemiológia és egyes rezisztens organizmusok előfordulása a földrajzi régióban.
3. A páciens kórtörténete, beleértve az ismert allergiákat vagy korábbi fertőzéseket, valamint az olyan alapállapotokat, amelyek befolyásolhatják az antibiotikum kiválasztását.
4. A fertőzés súlyossága, és hogy a beteg fekvő- vagy járóbeteg-kezelést igényel-e.
Az empirikus antibiotikum-kezelés célja a legvalószínűbb kórokozók lefedése a rendelkezésre álló információk alapján. Kezdetben általában széles hatásspektrumú antibiotikumokat használnak, azaz számos mikroorganizmus ellen hatékonyak.
Ha a kórokozót laboratóriumi vizsgálatokkal vagy tenyészetekkel azonosítják, az empirikus antibiotikum-kezelés célzott terápiához igazítható. Ez a gyakorlat segít abban, hogy a páciens az adott fertőzésének leginkább megfelelő antibiotikumot kapja, csökkentve az antimikrobiális rezisztencia és a lehetséges káros hatások kockázatát.