1. Glükóz :Sok szervezetben az anaerob légzés a glükóz, egy hat szénatomos cukor lebomlásával kezdődik. A glükóz enzimes reakciók során bomlik le, és oxigén hiányában energiát állít elő.
2. Egyéb cukrok :Egyes szervezetek más cukrokat is használhatnak az anaerob légzés kiindulási anyagaként, például fruktózt, szacharózt vagy laktózt.
3. Szerves savak :Bizonyos baktériumok és archaeák anaerob légzést végezhetnek szerves savak elsődleges szubsztrátumaként. Az általánosan használt szerves savak közé tartozik a laktát, a piruvát vagy a szukcinát.
4. Aminósavak :Egyes mikroorganizmusok aminosavakat használhatnak kiinduló vegyületként az anaerob légzéshez. Az aminosavak dezaminálása ammóniát és szerves savakat eredményez, amelyek ezután tovább metabolizálódnak.
5. Alkoholok :Az alkoholok elektrondonorként is szolgálhatnak az anaerob légzésben. Az etanolt (etil-alkoholt) általában élesztő és baktériumok erjesztik.
Érdemes megjegyezni, hogy ez csak néhány példa, és a különböző mikroorganizmusok anaerob légzési útvonalaiban különböző eltérések vannak.