A boncolást követően a belső szerveket jellemzően eltávolítják a szervezetből további vizsgálat és elemzés céljából. A szükséges minták vagy mérések elvégzése után a szerveket rendszerint kidobják, ha nincs diagnosztikus jelentőségű, vagy a család kívánsága szerint. A helyi törvényektől és szabályozásoktól függően a szervek a boncolási eljárást követően megsemmisíthetők vagy elégethetők.
Agy:
Bizonyos esetekben, például orvosi-jogi vizsgálatok vagy neurológiai állapotokkal járó körülmények esetén szükség lehet az agy vizsgálatára a boncolás során. Alapos vizsgálat után az agyat általában megfelelően ártalmatlanítják vagy tartósítják. Alapvető fontosságú az emberi szövetek kezelését és a postmortem minták ártalmatlanítását szabályozó vonatkozó jogi normák és előírások tanulmányozása.