A bariatric műtét általában nem tekinthető kezelési lehetőségnek a Crohn-betegségben szenvedő betegek számára. A Crohn-betegség kezelésének fő céljai a remisszió előidézése és fenntartása, a szövődmények megelőzése vagy kezelése, a műtétek minimalizálása és az életminőség javítása. A bariátriai sebészet elsősorban a súlyos elhízás kezelésére javallott, nem pedig a Crohn-betegség kezelésére.