Vegyük például egy adott fóbia esetét, mint például a pókoktól való félelem. A klasszikus kondicionálási elvek szerint az egyénben fóbia alakulhat ki, ha negatív tapasztalataik vannak egy pókkal kapcsolatban. Ez magában foglalhatja, hogy egy pók megharapja vagy megtámadja, vagy akár szemtanúja is lehet valakinek, aki negatív tapasztalatot szerzett egy pókról. A pók (környezeti inger) és a félelem vagy szorongás (a természetben előforduló inger) közötti kapcsolat fóbia kialakulásához vezethet.
Idővel az egyén félelmet vagy szorongást tapasztalhat pókok jelenlétében, vagy akár olyan helyzetekben is, amelyek a pókokra emlékeztetik, például pókhálót látnak, vagy olyan helyiségben tartózkodnak, ahol pókok lehetnek. Ez a válasz a klasszikus kondicionáló folyamat eredménye, ahol a környezeti inger (a pók) váltja ki a kondicionált választ (a félelmet vagy a szorongást).
A klasszikus kondicionálás más mentális rendellenességek, például a poszttraumás stressz zavar (PTSD) kialakulásához is hozzájárulhat. A PTSD-ben az egyénekben kondicionált félelemreakció alakulhat ki a traumatikus eseményhez kapcsolódó ingerekre, ami olyan tünetekhez vezethet, mint a visszaemlékezések, rémálmok és elkerülő viselkedés.
Fontos azonban megjegyezni, hogy a klasszikus kondicionálás önmagában nem tudja teljes mértékben megmagyarázni a mentális zavarok megszerzését. Más tényezők, mint például a genetika, a személyiségjegyek és a környezeti stresszorok szintén jelentős szerepet játszanak a mentális egészségi állapotok kialakulásában.