Az influenzavírusok RNS-vírusok, és az RNS hajlamosabb a mutációkra, mint a DNS. Az influenzavírusok magas mutációs rátáját elsősorban a vírusgenom replikációjáért felelős RNS-polimeráz enzim hibára hajlamos természete okozza. Ez az enzim nem rendelkezik lektori képességekkel, ami a genom replikációja során bevezetett hibák nagy gyakoriságát eredményezi.
A vírusgenom nyolc egyszálú RNS-szegmensből áll, amelyek 11, a vírus replikációjához és patogenitásához elengedhetetlen fehérjét kódolnak. Ezekben a szegmensekben a mutációk különböző vírusjellemzőket befolyásolhatnak, beleértve az antigenitást, virulenciát és a gazdaszervezet tartományát. Az antigénmutációk, különösen a hemagglutinin (HA) és a neuraminidáz (NA) fehérjékben, különösen fontosak, mivel jelentős változásokhoz vezethetnek a vírus azon képességében, hogy kötődjön a gazdasejtekhez és megfertőzze azokat, ami befolyásolja a vírus átvihetőségét és betegséget okozó potenciálját.
Az influenzavírusok gyors genetikai evolúcióját szegmentált genomjuk is befolyásolja. A genetikai anyag különböző influenzavírus-törzsek közötti átrendezése új és potenciálisan virulensebb törzsek megjelenését eredményezheti. Ezt a genetikai átrendeződést elősegíti a gazdasejtek több influenzavírustörzzsel való együttes fertőzése. Amikor ez megtörténik, a különböző vírusok RNS-szegmensei kombinálhatók új gén- és fehérjekombinációk létrehozására, ami potenciálisan megváltozott tulajdonságokkal rendelkező új vírustörzsekhez vezet.
Az influenzavírusok magas mutációs rátája és genetikai átrendeződési képességük hozzájárul az új törzsek folyamatos megjelenéséhez, ami szükségessé teszi az influenza elleni védőoltások rendszeres frissítését, és állandó kihívást jelent az influenzajárványok megelőzése és ellenőrzése terén tett közegészségügyi erőfeszítések számára.