A hypothyreosisnak három gyakori oka van. A Hashimoto-féle pajzsmirigygyulladás egy krónikus autoimmun állapot, amelyben a szervezet immunrendszere tévedésből megtámadja saját pajzsmirigyét. A Graves-kór egy másik autoimmun betegség, amely a pajzsmirigy gyulladását okozza, és néha a kezelés után vagy spontán módon hypothyreosisba alakulhat át. A szülés utáni pajzsmirigygyulladás az utolsó, néhány hónappal a szülés előtt vagy után jelentkezik, és bár általában néhány hónap vagy év alatt magától helyreáll, néha tartós hypothyreosisig fejlődik, amely egész életen át tartó kezelést igényel.
