A gyomorhurutban szenvedő betegek prognózisa általában jó. A legtöbb gyomorhurut akut, és néhány napon vagy héten belül megszűnik. A krónikus gyomorhurut, ha megfelelően kezelik, kontrollálható, és általában nem vezet súlyos szövődményekhez. Bizonyos esetekben azonban a krónikus gyomorhurut növelheti a gyomorfekély, gyomorrák vagy más gyomor-bélrendszeri betegségek kialakulásának kockázatát. A rendszeres monitorozás és a kezelési ajánlások betartása kulcsfontosságú a krónikus gastritisben szenvedő betegek számára a jó prognózis biztosításához.