A Prader-Willi szindrómáért felelős specifikus gént még nem azonosították. Azonban számos jelölt gént javasoltak, köztük:
* SNRPN (kis nukleáris ribonukleoprotein polipeptid N):Ez a gén egy fehérjét kódol, amely részt vesz a spliceoszómák összeállításában, amelyek felelősek az intronok eltávolításáért a hírvivő RNS-ből.
* MAGEL2 (maternálisan expresszált gén 2):Ez a gén olyan fehérjét kódol, amely részt vesz a sejtnövekedés és -differenciálódás szabályozásában.
* NDN (nekdin):Ez a gén olyan fehérjét kódol, amely részt vesz az idegsejtek migrációjának és differenciálódásának szabályozásában.
További kutatásokra van szükség a Prader-Willi szindrómáért felelős specifikus gén vagy gének azonosításához.