A fehérjeemésztés végtermékei az aminosavak. A fehérjék aminosavláncokból álló nagy molekulák. Az emésztés során ezeket a fehérjéket a proteázoknak nevezett enzimek egyre kisebb peptidekre bontják. Ezeket a peptideket ezután más enzimek, az úgynevezett peptidázok tovább bontják egyedi aminosavakra. Az aminosavak ezután felszívódnak a véráramba, és a szervezet új fehérjék építésére vagy más anyagcsere-folyamatokra használja fel.