A szinapszisok két neuron közötti csomópontok, ahol a jelek az egyik idegsejtről a másikra továbbítódnak. A gerincvelőben szinapszisok keletkeznek a szürkeállományban, amely a gerincvelő közepén helyezkedik el. A szürkeállomány tartalmazza az idegsejtek sejttesteit, valamint dendriteket és axonokat, amelyek a jeleket továbbító neuronok meghosszabbításai.
A fehérállomány, amely a gerincvelő külső oldalán található, axonkötegeket tartalmaz, amelyek jeleket továbbítanak a gerincvelőn felfelé és lefelé. A fehérállományban nem fordulnak elő szinapszisok.
A szinapszisok specifikus elhelyezkedése a gerincvelőben az érintett neuron típusától függ. Például a szenzoros neuronok és a motoros neuronok közötti szinapszisok a gerincvelő ventrális szarvában, míg az interneuronok közötti szinapszisok a háti szarvban fordulnak elő.