Ezt megelőzően az emberi influenza A vírusokról ismert volt, hogy három csoportban keringenek, ezek A, B és C néven ismertek. Az emberi influenza A vírusokat a hemagglutinin (H) és a neuraminidáz (N) fehérjék kombinációja alapján további altípusokra osztják. 2009 előtt a szezonális influenzavírusok két altípus valamelyikébe tartoztak:a H1N1 vagy a H3N2.
A 2009-es pandémiás vírus, az A(H1N1)pdm09, különböző sertésinfluenza-, humán- és madárinfluenza-vírusok genetikai anyagán osztozik. Az A(H1N1)pdm09 vírus pontos eredete továbbra sem tisztázott, de feltehetően a sertésinfluenza A vírusok és a humán szezonális influenza A vírusok közötti genetikai átrendeződés eredménye.
Pontosabban, az A(H1N1)pdm09 vírus sertésinfluenza A vírusokból, eurázsiai madárszerű sertésvírusokból és emberhez adaptált influenza A vírusokból származó géneket tartalmaz. A 2009-es H1N1 vírus genetikai szekvenálása bizonyítékot szolgáltatott a "hármas átrendeződésre", amely magában foglalja az észak-amerikai sertésinfluenza vírusok (H1N2), az eurázsiai sertésinfluenza vírusok (H1N1) és az emberekben rendszeresen szezonális járványokat okozó influenzavírusok (H3N2) génszegmenseit.
Összefoglalva, a 2009-es sertésinfluenza-járványt egy új influenza A (H1N1) vírus okozta, amely a sertésinfluenza-vírusok, a madárinfluenza-vírusok és a humán szezonális influenza-vírusok különböző törzsei közötti genetikai átrendeződés révén jelent meg.