Vannak vakcinák, amelyek megvédik a baromfit a madárinfluenza bizonyos törzsei ellen. Az oltási programokat azokban a régiókban hajtják végre, ahol járványkitöréseket jelentettek, vagy ahol kockázatot jelentenek. Ezeknek a vakcináknak a hatékonysága azonban a vírustörzstől és az alkalmazott vakcinázási stratégiáktól függően változhat.
Emberek számára jelenleg nincs engedélyezett vakcina, amelyet kifejezetten a madárinfluenza vírusokkal való fertőzés megelőzésére terveztek. Folyamatban vannak azonban a kutatási erőfeszítések olyan vakcinák kifejlesztésére, amelyek védelmet nyújthatnak a madárinfluenza potenciális pandémiás törzsei ellen.