Képtorzítás: A röntgensugarak a nagyítás és a szóródás miatt torzíthatják a képeket. Ez különösen problémás a lágy szövetekben, ahol nincs sok részlet.
Ionizáló sugárzás: A röntgensugarak ionizáló sugárzást használnak. Ez azt jelenti, hogy elegendő energiával rendelkeznek ahhoz, hogy az elektronokat leverjék az atomokról, ami károsíthatja a DNS-t, és számos egészségügyi problémát okozhat, beleértve a rákot. Ennek eredményeként a röntgenfelvételek száma minimálisra csökken.
A színek és a részletek hiánya: A röntgenfelvételek korlátozott információt nyújtanak a finom szöveti különbségekről, és figyelmen kívül hagyhatják azokat a struktúrákat, amelyek sűrűsége megegyezik a környező szövetekkel.