A gyomor nyálkahártyáját nyálkaréteg borítja, amely gátat jelent a HCl és más emésztőnedvek ellen. A nyálkát a gyomorban található speciális sejtek, az úgynevezett nyálkahártyasejtek termelik.
A gyomor emellett bikarbonát ionokat (HCO3-) is termel, amelyek segítik a HCl semlegesítését. A bikarbonát ionokat a gyomor parietális sejtjei termelik.
Ezenkívül a gyomor nyálkahártyáját folyamatosan új sejtekkel helyettesítik. Ez a sejtforgalomnak nevezett folyamat segít helyreállítani a HCl által okozott károkat.
E védőmechanizmusok eredményeként a gyomor képes ellenállni a HCl és más emésztőnedvek maró hatásának.