Erre az összetett kérdésre nincs egyértelmű válasz, mivel az alternatív és az allopátiás gyógyászat relatív hatékonysága az egyéntől, a kezelt állapottól és számos egyéb tényezőtől függően változhat. Általánosan elfogadott azonban, hogy az allopátiás gyógyszer hatékonyabb az akut állapotok, például fertőzések, sérülések és műtétek kezelésében. Krónikus betegségek esetén az alternatív gyógyászat holisztikusabb megközelítést kínálhat, amely kezelheti a probléma mögöttes gyökerét, és elősegítheti az általános jólétet. Ezenkívül egyes alternatív terápiák olyan előnyökkel is járhatnak, amelyek nem láthatók az allopátiás gyógyászatban, mint például a jobb relaxáció és a stressz csökkentése. Végső soron a kezelés legjobb módja az allopátiás és az alternatív terápiák kombinációja lehet.
